バイナリファイルを扱う時、特に面倒なのは読み書きにバイナリ専用の道具が必要になることです。16進数表記のテキストにすることで一気に操作しやすくなります。Linuxのコマンドを用いるならば次のようにこれを実現できます。リンクはDebianですが大体同じ感じで他の色々なLinuxデストリにも入っているようです（手元のGit Bashでもできました）。
xxd(1) — xxd — Debian unstable — Debian Manpages
xxd -p ファイル名
これを使うだけで次の様にバイナリファイルが16進表記で表示されます。これを読みやすい様2^n文字区切りにして保存すればそれでOKです（自分の場合、リダイレクトでファイル化→手元のサクラエディタで弄る、としています）。そうすればバイナリファイルのフォーマットのリファレンスと快適ににらめっこして作業を進められます。
似たような16進表記用コマンドにhexdump, odというものもあります。
編集した後の16進表記ファイルをバイナリファイルに再構築する必要もあります。これは次のコマンドでできます。
xxd -r -p 16進表記ファイル名 出力されるバイナリファイル名
オプションもろくに覚える必要もなく実に簡単です。
