何故なら、公式のMSSQLドライバがCygwin用に提供されていないからです。
GitHubのMicrosoftの公式リポジトリでも、Cygwinはサポートしないとはっきりと明言されています。
Driver in cygwin enviroment #258 – GitHub
Transact SQL クライアントのオープンソースの実装であるFreeTDSについてはCygwinにもドライバがあるので、これを使えば”とりあえずは”Cygwin上のPHPからSQL Serverへ接続することはできます。
しかしFreeTDSではSQL文実行後一定時間経過しても結果が返ってこない場合、接続を切ってしまううえ、この仕様を修正するにはFreeTDSのソースを修正するしかない、という状況になっているようです。(調べて見つけた記事にそのようなことが書かれていたのですが、その記事のURLを見失ってしまいました…また見つけたら追記します。)
代替えとして、Windowsネイティブでありながら、基本的なLAMP環境を簡単に動作させることができるXAMPPというパッケージがあります
こちらなら、SQL Serverの公式PHPドライバが利用可能ですので、 個人的にはこちらを利用するのがおすすめです。
本当はUNIXライクなOSで動作させるのが一番なのですが、もしWindowsでどうしても…という方は一度検討してみてください。
