MySQL データベースの起動時の自動修復が失敗し、/tmp が溢れたとログにでました。手動で REPAIR TABLE をかけたところ、同様。
調査したところ /etc/my.cnf の tmpdir 値のところを REPAIR TABLE 時に使用しているらしく、テーブルの出たが多いとテンポラリーテーブルが足りずにエラーとなっている状況でした。
[mysqld]
tmpdir = /tmp/etc/my.cnf
この値をディスク容量の多きなパーティションへ変更し、改めて修復を行ったところ 30 分程度で修復が完了しました。