WinSCP が Amazon S3 に対応した様です
FFFTP はメンテ停止公表後、 2.0 リリースに向けて活動しているようですが、私自身はワンタイムパスワードとか使う機会はないので、すべて WinSCP になりました。ディレクトリ同時移動、SCP、SFTP、SSH トンネル越え SCP などにも対応しているので便利。
設定も簡単でした。Amazon S3 を選択して、アクセスキーとシークレットを登録するだけ。
AWS CLI もよいけど WinSCP コマンドでスクリプト制御もありかな。