画像解析用オープンソフトウェアImageJの紹介

著者:杉浦

画像解析用オープンソフトウェアImageJの紹介

ImageJ
 ImageJはJavaで作られた画像解析用のオープンソフトウェアです。画像を読み込み、加工し、解析する事で様々なことができます。例えば数え上げです。
 次の画像中の細胞の数を数えようとして見ます。
 
 まず、Image->Typeから8bit画像に変換。次いでImage->Adjust->Thresholdから色の濃さで白黒の二色画像に変換。この時、一つ一つがばらけるような閾値にするとよいです。

 最後にAnalyze->Analysys Particlesで粒子解析。

 まだまだ雑ですが結構それっぽくなりました。白黒二色画像に至るまでの過程を工夫するともういくらか良い精度で解析できます。この白黒二色画像に変換するまでの過程で使う各処理の閾値等パラメータの最適化には機械学習が向いています。また深いニューラルネットワークの学習ではどの様な変換手法を用いるのが良いかまでいい感じに決定することができます。

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