CentOS 7 でepelリポジトリのnpmでアップデートを行うとnpmが消されてしまう問題の回避方法

CentOS 7 の新環境を作り、epelリポジトリからyumでnpmをインストール。

sudo yum -y install epel-release
sudo yum -y install npm

npmのバージョンを確認すると
3.10.10
と古かったため

sudo npm -g update npm

としたところ

- fstream-npm@1.2.0 node_modules/npm/node_modules/fstream-npm
- normalize-git-url@3.0.2 node_modules/npm/node_modules/normalize-git-url
- realize-package-specifier@3.0.3 node_modules/npm/node_modules/realize-package-specifier
/usr/lib
└── (empty)

npm ERR! Linux 3.10.0-862.el7.x86_64
npm ERR! argv "/usr/bin/node" "/bin/npm" "-g" "update" "npm"
npm ERR! node v6.14.3
npm ERR! npm  v3.10.10
npm ERR! path /usr/lib/node_modules/npm/node_modules/fs-write-stream-atomic
npm ERR! code EEXIST
npm ERR! errno -17
npm ERR! syscall mkdir

npm ERR! EEXIST: file already exists, mkdir '/usr/lib/node_modules/npm/node_modules/fs-write-stream-atomic'
npm ERR! File exists: /usr/lib/node_modules/npm/node_modules/fs-write-stream-atomic
npm ERR! Move it away, and try again.

npm ERR! Please include the following file with any support request:
npm ERR!     /home/username/npm-debug.log
npm ERR! code 1

のようなエラーが出てしまい、更新に失敗します。
そればかりか…

$ npm -v
-bash: npm: コマンドが見つかりません

$ which npm
/usr/bin/which: no npm in (/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/home/username/.local/bin:/home/username/bin)

なんとnpm本体が消えてしまいました。
そんな馬鹿な…

流石にちょっと困ってしまったので、いろいろ調べたところ、npm公式のGitHubページのIssueでも同様の報告が上がっていました。

Try to update the npm cli and got an error #15821 – GitHub

内容を見ていくと、epelではなくnodejs公式のnodesourceというリポジトリを使用したら成功したという記述が。
半信半疑ながらも、nodesourceを使うことにしました。

とりあえず、一旦npmをアンインストールします。

sudo yum -y remove npm
$ sudo yum -y remove npm
読み込んだプラグイン:fastestmirror
依存性の解決をしています
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ npm.x86_64 1:3.10.10-1.6.14.3.1.el7 を 削除
--> 依存性の処理をしています: npm = 1:3.10.10-1.6.14.3.1.el7 のパッケージ: 1:nodejs-6.14.3-1.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: npm = 1:3.10.10-1.6.14.3.1.el7 のパッケージ: 1:nodejs-6.14.3-1.el7.x86_64
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ nodejs.x86_64 1:6.14.3-1.el7 を 削除
--> 依存性解決を終了しました。

依存性を解決しました

========================================================================================================================
 Package                 アーキテクチャー        バージョン                                リポジトリー            容量
========================================================================================================================
削除中:
 npm                     x86_64                  1:3.10.10-1.6.14.3.1.el7                  @epel                  9.8 M
依存性関連での削除をします:
 nodejs                  x86_64                  1:6.14.3-1.el7                            @epel                   16 M

トランザクションの要約
========================================================================================================================
削除  1 パッケージ (+1 個の依存関係のパッケージ)

インストール容量: 26 M
Downloading packages:
Running transaction check
Running transaction test
Transaction test succeeded
Running transaction
  削除中                  : 1:npm-3.10.10-1.6.14.3.1.el7.x86_64                                                     1/2
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/update-authors.sh: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/relocate.sh: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/release.sh: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはあり ません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/publish-tag.js: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリは ありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/maketest: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありま せん
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/install.sh: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはあり ません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/index-build.js: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリは ありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/gen-changelog: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/doc-build.sh: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはあ りません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/dev-dep-update: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリは ありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/dep-update: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはあり ません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/clean-old.sh: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはあ りません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts/changelog.js: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはあ りません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/scripts: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/package.json: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules/realize-package-specifier: 削除に失敗しました: そのようなファイル やディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules/normalize-git-url: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレ クトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules/fstream-npm: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリ はありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/write-file-atomic/package.json: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/write-file-atomic/index.js: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/write-file-atomic/README.md: 削除に失敗しました: そのよう なファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/write-file-atomic/LICENSE: 削除に失敗しました: そのような ファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/write-file-atomic: 削除に失敗しました: そのようなファイル やディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/wrappy/wrappy.js: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/wrappy/package.json: 削除に失敗しました: そのようなファイ ルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/wrappy/README.md: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/wrappy/LICENSE: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/wrappy: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/which.js: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/package.json: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/node_modules/isexe/windows.js: 削除に失敗しました:  そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/node_modules/isexe/package.json: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/node_modules/isexe/mode.js: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/node_modules/isexe/index.js: 削除に失敗しました: そ のようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/node_modules/isexe/access.js: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/node_modules/isexe/README.md: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/node_modules/isexe/LICENSE: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/node_modules/isexe/.npmignore: 削除に失敗しました:  そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/node_modules/isexe: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/node_modules: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/bin/which: 削除に失敗しました: そのようなファイルや ディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/bin: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレ クトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/README.md: 削除に失敗しました: そのようなファイルや ディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/LICENSE: 削除に失敗しました: そのようなファイルやデ ィレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which/CHANGELOG.md: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/which: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクト リはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/package.json: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/node_modules/builtins/package.json: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/node_modules/builtins/builtins.json: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/node_modules/builtins/Readme.md: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/node_modules/builtins/History.md: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/node_modules/builtins/.travis.yml: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/node_modules/builtins: 削除に失 敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/node_modules: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/index.js: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/README.md: 削除に失敗しました:  そのようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/LICENSE: 削除に失敗しました: そ のようなファイルやディレクトリはありません
警告: ファイル /usr/lib/node_modules/npm/node_modules.bundled/validate-npm-package-name/.npmignore: 削除に失敗しました: そのようなファイルやディレクトリはありません
(省略)

大量の”ファイルが見つかりません”エラーが。
やっぱり本当に消えてしまってるようです…

アンインストールが完了したらnodesourceリポジトリをインストールします。

curl -sL https://rpm.nodesource.com/setup_8.x | sudo bash -

処理が完了したら、”npm”ではなく”nodejs”パッケージをインストールします。

sudo yum install -y nodejs

パッケージ名はnodejsですが、実際には同時にnpmもインストールされているため、インストールが完了すればnpmも使えます。

$ npm -v
6.4.1

バージョンも新しくなっています。

$ sudo npm -g update npm
$ which npm
/usr/bin/npm

アップデートも問題なく動作するようになったようです。

しかし、安定性の高いはずのepelリポジトリのnpmが致命的なバグを抱えたままになっているというのは…大丈夫なんでしょうか…

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