Apache 2.2 へ変更して検証をしているのですが悩んでいた所が解決したので、メモがてら残します。
ドキュメントルート (/htdocs/) に .htaccess を設置し WordPress 用の RewriteRule を入れ込んでいて、下位ディレクトリの .htaccess で AuthType Basic を指定した場合、どうしても 404 エラーとなる状況でした。
本来であれば基本認証ダイアログを表示し、認証通過した場合のみサブディレクトリ内のページを表示してほしかったのですが、認証ダイアログは出ず、そのまま WordPress の 404 ページが表示されてしまう形です。
調査の結果、ErrorDocument 401 /error/401.html と指定しているにもかかわらず、401 ファイルが存在せず 404 となり、そもそも認証ができていませんでした。
基本認証を要求するサブディレクトリではAuthType Basic 関連行とは別に ErrorDocument 401 も指定。これです。
ErrorDocument 401 "Unauthorized Access" RewriteRule Off
かなり前からのアルアルですが、またハマったので再度書きます。